VMD (Visual Molecular Dynamics)

VMD adalah salah program untuk visualisasi molekul. Progam ini dapat membaca format standar PDB ataupun output yang dihasilkan oleh bebagai program Dinamika Molekular seperti Amber, NAMD, Gromacs dan lain-lain.. 

Instalasi Program

Anda dapat menggunakan VMD versi Window ataupun Linux tergantung system operasi yang digunakan. Program pemasang utuk VMD versi 1.9 adalah vmd19win32.msi untuk Windows 32 bit. Pemasangan program VMD dilakukan dengan klik ganda pada ikon program pemasang tersebut.

Langkah selanjutnya untuk menyelesaikan pemasangan adalah  mengikuti petunjuk yang muncul pada layar monitor hingga instalasi selesai.

Penggunaan VMD


VMD dapat diakses dari desktop dengan melakukan klik ganda icon sepeti gambar kiri  atau bisa juga diakses melalui menu start menu Windows dibawah menu University of Illinois seperti pada gambar di sebelah kanan, sehingga akan diperoleh tiga window seperti pada gambar di bawah ini. Ketiga layar tersebut adalah layar informasi, layar visualisasi (VMD 1.9 OpenGL Display) dan layar Utama (VMD Main).

Membuka berkas struktur

Berbagai jenis berkas struktur dapat dibuka dengan program VMD ini. Dalam buku ini akan dicoba membuka struktur protein BPTI. Pada jendela VMD Main, pilih File|New Molecule akan memunculkan jendela:

Pilihlah berkas struktur yang diinginkan dengan menekan tombol Browse… Kemudian pada jendela “choose a molecule file” terdapat folder proteins, pilihlah berkas bpti.pdb hingga muncul gambar pada jendela visualisasi seperti di bawah ini.

Pada jendela visualisasi tampak struktur 3D BPTI (Bovine Pancreatin Tripsin Inhibitor) dalam bentuk (Style = Lines). Untuk mempermudah melihat bentuk 3D, umumnya struktur sekunder alfa helix dan beta sheet perlu ditampilkan. Untuk menampilkan bentuk 2D tersebut pilihlah Graphics|Representations…

Banyak hal yang bisa dilakukan pada jendela Graphics Representations ini:

1.    Membuat dan menghapus representasi (Create dan Delete Rep).

2.    Mengubah gaya penggambaran (Draw sytle).

3.    Pemilihan komponen struktur (Selections).

4.    Pengaturan tampilan lintasan (Trajectory).

5.    Pemilihan gambar periodik (Periodic).

Beberapa metode penggambaran molekul (Drawing Methods) yang dapat dilakukan pada program VMD antara lain:

Lines, Bonds, Dynamics Bonds, HBonds, Points, VDW, CPK, Licorice, Polyhedra, Trace, Tube, Ribbons, NewRibbons, Cartoon, NewCartoon, PaperChain, Twister, MSMS, Surf, VolumeSlice, Isosurface, FieldLines, Orbital, Beads, Dotted, Solvent.

Untuk contoh ini pilihlah NewCartoon pada Drawing Methods. Kemudian, untuk pewarnaan pilihlah Coloring method| Secondary Structure hingga diperoleh gambar struktur BPTI pada jendela visualisasi seperti pada gambar sebelah kiri. Struktur alpha-helix berwarna ungu sedangkan beta-sheet berwarna kuning

Pengendalian mouse

Pada umumnya program-program visualisasi molekul akan lebih mudah dikendalikan dengan menggunakan mouse dibandingkan dengan trackpad seperti pada komputer laptop. Pengaturan mouse dapat dilakukan pada menu Mouse di jendela VMD Main.

Pengaturan mouse juga dapat langsung dilakukan dengan menekan kombinasi  tombol ketik dan mouse, seperti pada tabel di bawah ini.

Mode	Tombol ketik	Aksi pada mouse
Rotasi	r	Tekan tombol kiri + Geser Mouse (semua arah)
Translasi	t	Tekan tombol kiri + Geser Mouse (semua arah)
Skala	s	Tekan tombol kiri + Geser Mouse (kiri-kanan) atau gulirkan tombol tengah mouse

Autodock Plugin

Antarmuka Pymol dapat dimanfaatkan untuk melakukan persiapan grid  untuk docking dengan Autodock dan melihat hasil docking, asalkan Autodock plugin sudah terpasang pada Pymol.

Lihat http://www.pymolwiki.org/index.php/Autodock_plugin