Komputasi Biomedik: [DB] > Pengenalan Basis Data

Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisis bioinformatika. Database merupakan kumpulan data yang diatur sedemikian rupa untuk memudahkan penggunanya. Database dalam bioinformatika meliputi data sekuen DNA atau protein yang diperoleh melalui percobaan laboratorium yang kemudian disimpan dalam berkas komputer. Setiap berkas sekuen berisi informasi mengenai asal organisme, sekuen, dan nomor akses yang digunakan untuk mengidentifikasi sekuen tersebut.

Basis Data Obat dan Molekul Kecil

Zinc Is Not Commercial (ZINC)

ZINC adalah database gratis yang berisi senyawa-senyawa komersial yang tersedia di pasaran yang ditujukan untuk keperluan virtual screening. Database senyawa dalam format 3D yang tersedia siap digunakan untuk percobaan docking. Database Zinc ini disediakan oleh Laboratorium Shoichet di Departemen Kimia Farmasi, Universitas California San Fransisco. Akses ke website ZINC dapat melalui http://zinc.docking.org.

Fomat 3D yang tersedia di Database ZINC adalah format .mol2 dan .sdf

PubChem

Database PubChem ini dikelola oleh National Institute of Health (NIH) Amerika Serikat dibawah National Library of Medicine. Berbagai senyawa organik yang ada dengan sifat-sifat kimia serta struktur 3D dapat diakses secara bebas melalui website resminya yaitu http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov.

Camdridge Structural Database (CSD)

Camdridge Structural Database menyediakan informasi kimia dan kristalografi dari molekul organic dan senyawa-senyawa organometalik. Data struktur 3D detentukan menggunakan difraksi sinar-X ataupun netron. Catatan pada CSD merupakan hasil dari studi kristal tunggal ataupun difraksi serbuk. CSD merupakan database berlangganan dan halaman utamanya dapat diakses di http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd/

Drug Bank

DrugBank merupakan basisdata yang yang menggabungkan secara detil data informasi tentang obat baik dari sisi kimia, farmakologi ataupun farmasetika dengan target obat yang meliputi sekuens, stuktur ataupun jalur biokimia. Basisdata DrugBank ini di kelola oleh Department of Computing Science and Biological Science, Universitas Alberta. Kanada.