Ada tiga metode dalam pencarian protein
homolog. Metode pertama adalah membandingkan sekuen target
dengan setiap sekuen database menggunakan perbandingan pasangan
sekuen-sekuen. Program yang dapat digunakan adalah FASTA dan BLAST.
Metode pencarian kedua berdasarkan pada perbandingan sekuen berganda
untuk meningkatkan sensitivitas pencarian. Program yang berdasarkan
metode ini adalah PSI-BLAST. Metode yang terakhr adalah threading,
dimana pencarian cetakan dilakukan berdasarkan perbandingan sekuen
protein dengan protein yang telah diketahui strukturnya. Kecocokan
cetakan dapat diketahui berdasarkan skor dan E-value
