Tahapan untuk membuat model protein
antara lain:
- mengidentifikasi protein homolog dan menentukan persamaan sekuen antara satu dengan yang lain (pemilihan cetakan),
- menyejajarkan sekuen,
- membuat struktur tiga dimensi, dan
- mengevaluasi model
Tahapan tersebut dilakukan berulang kali hingga diperoleh model dengan kualitas baik. Tahap awal
dari homology modeling adalah mengidentifikasi semua struktur
protein yang berkaitan dengan sekuen target (protein homolog) dan
memilih struktur yang akan dijadikan cetakan. Protein homolog adalah
protein yang memiliki kesamaan sekuen yang tinggi terhadap sekuen
target sehingga keduanya memiliki struktur pelipatan yang mirip.
Cetakan yang digunakan telah diketahui struktur tiga dimensinya
berdasarkan percobaan eksperimental. Tahap ini difasilitasi oleh
berbagai database sekuen dan database struktur, serta perangkat lunak
pencari database yang tersedia pada internet. Cetakan dapat ditemukan
dengan menggunakan sekuen target sebagai petunjuk pada database
pencarian struktur seperti Protein Data Bank, SCOP, DALI, dan CATH.
