Jumat, 07 Oktober 2011

[MM] > Force Field


Dalam konteks mekanika molekuler, medan gaya (force field) merujuk pada bentuk fungsional dan himpunan parameter yang digunakan untuk menjelaskan energi potensial dari sistem partikel-partikel. Fungsi-fungsi medan gaya dan himpunan–himpunan parameter diturunkan baik dari hasil ekserimen maupun perhitungan-perhitungan mekanika kuantum tingkat tinggi.
Medan gaya “All-atom” memberikan parameter untuk setiap atom dalam sistem termasuk hidrogen, sedangkan medan gaya “united-atom” memperlakukan hidrogen dan karbon dalam gugus metil dan metilen sebagai satu pusat interaksi. Medan gaya “coarse-grained” sering digunakan untuk simulasi protein dengan rentang waktu panjang, memberikan representasi yang lebih terabstraksi untuk meningkatkan efisiensi komputasi.
Penggunaan istilah medan gaya dalam komputasi kimia dan biologi berbeda dengan penggunaan standar dalam fisika. Istilah medan gaya dalam kimia didefinisikan sebagai fungsi potensial, sedangkan dalam fisika istilah ini menunjukan gradien negatif dari potensial skalar.

Medan gaya digunakan untuk meminimalkan energi tarik ikatan dari molekul etana TODO TODO TODO TODO