Prediksi struktur protein dapat
dilakukan dengan tiga metode, yaitu prediksi ab-initio,
pengenalan lipatan (fold recognition), dan homology modeling. Perbedaan ketiga metode ini terletak pada tingkat
penggunaan informasi database sekuen dan struktur untuk pembuatan
model. Prediksi ab initio tidak menggunakan informasi
database. Metode ini memprediksi struktur protein hanya berdasarkan
pada hukum fisika dan kimia. Prediksi ab initio atau de
novo dilakukan untuk memprediksi struktur protein yang tidak
memiliki persamaan struktur dengan Protein Data Bank (PDB).
Pengenalan lipatan, sering kali mengacu pada ”threading”,
berkaitan dengan kasus dimana terdapat satu atau lebih struktur
protein yang mirip dengan sekuen target tetapi tidak mudah
diidentifikasi. Tantangan utamanya adalah bagaimana manemukan cetakan
terbaik. Tetapi secara umum sulit untuk membuat model yang akurat.
Dengan perkembangan teknologi saat ini, model yang paling akurat
dapat diperoleh dengan cetakan tunggal yang memiliki tingkat kesamaan
sekuen yang tinggi terhadap protein target. Proses pembuatan model
dari cetakan mengacu kepada homology atau comparative
modeling.
Homology modeling adalah pembuatan model struktur berdasarkan perbandingan sekuen homolog antara protein target dengan protein lain yang sudah diketahui struktur tiga dimensinya (sebagai induk atau cetakan). Dasar dari metode ini adalah kesamaan pelipatan antara dua protein yang berkembang dari protein yang mempunyai keturunan yang sama. Pelipatan lebih kekal selama melewati proses evolusi dibandingkan sekuen. Kualitas model yang dihasilkan bergantung pada persamaan residu antar dua protein.
Untuk menghasilkan model yang baik,
maka persamaan sekuen target cetakan harus lebih besar dari 30%.
Protein dengan persamaan residu yang relatif besar dapat menghasilkan
model dengan RMSD < 1 Å
Banyak program yang dapat digunakan untuk membuat pemodelan homologdiantaranya adalah Modeller dan Swiss-model. Modeller merupakan program pemodelan homolog yang tangguh dapat dioperasikan pada komputer berbasis Linux ataupun Windows dengan menggunakan modus teks atau baris-baris perintah.. Sedangkan Swiss-Model memberikan kemudahan dengan aksesibilitas penuh pada server pemodelan melalui internet dengan antarmuka grafis yang mudah seperti pada gambar di bawah.
Banyak program yang dapat digunakan untuk membuat pemodelan homologdiantaranya adalah Modeller dan Swiss-model. Modeller merupakan program pemodelan homolog yang tangguh dapat dioperasikan pada komputer berbasis Linux ataupun Windows dengan menggunakan modus teks atau baris-baris perintah.. Sedangkan Swiss-Model memberikan kemudahan dengan aksesibilitas penuh pada server pemodelan melalui internet dengan antarmuka grafis yang mudah seperti pada gambar di bawah.
