Model yang telah terbentuk harus
dievaluasi. Evaluasi perlu dilakukan untuk menganalisis kesalahan
dalam struktur model. Kesalahan ini mungkin disebabkan kualitas
kecocokan target dengan cetakan yang rendah ataupun eror pada
penyejajaran. Evaluasi struktur yang dilakukan meliputi
konformasi rantai utama pada daerah yang diperbolehkan pada plot
Ramachandran, ikatan planar peptida, konformasi rantai samping,
ikatan hidrogen dari atom polar, kontak atom yang buruk, dan celah
pada struktur. Persyaratan dasar untuk sebuah model adalah
memiliki stereokimia yang baik. Beberapa program yang digunakan untuk
mengevaluasi stereokimia antara lain PROCHECK, PROCHECK-NMR, AQUA,
SQUID, dan WHATCHECK. Evaluasi stereokimia meliputi panjang ikatan,
sudut ikatan, planaritas ikatan peptida dan cincin rantai samping,
kiralitas, sudut putaran rantai utama dan rantai samping, serta
ketidakcocokan antara pasangan atom nonbonding. Kesalahan yang
terdeteksi dapat diminimalkan menggunakan program optimisasi
berdasarkan mekanika molekuler seperti GROMOS
