Plot Ramachandran (juga dikenal sebagai
peta Ramachandran atau diagram Ramachandran) dikembangkan oleh
Gopalasamudram Narayana Ramachandran. Program yang dapat menghasilkan
plot Ramachandran antara lain PROCHECK, STING, PyMOL (ekstensi
DynoPlot), VMD, Sirius, dan Swiss PDB Viewer.
Plot Ramachandran
digunakan untuk memvisualisasikan koordinat tiga dimensi protein yang
telah ditentukan melalui eksperimen ke dalam koordinat internal.
Koordinat internal terdiri dari sudut dihedral Φ (phi) sebagai sumbu
x dan sudut ψ (psi) sebagai sumbu y residu asam amino dari struktur
protein. Plot ini memperlihatkan konformasi yang mungkin dari
sudut Φ dan ψ untuk polipeptida. Secara matematis, plot
Ramachandran adalah visualisasi dari sebuah fungsi. Daerah dari
fungsi ini adalah torus. Sudut Φ merupakan sudut dihedral sepanjang
ikatan N-Cα, sedangkan sudut ψ merupakan sudut dihedral sepanjang
ikatan Cα-C. Setiap residu asam amino mempunyai satu sudut Φ dan
sudut ψ. Oleh karena itu setiap residu dapat digambarkan
sebagai satu plot. Plot-plot yang menggambarkan residu asam amino
pada struktur protein disebut plot Ramachandran.Plot
Ramachandran terdiri dari empat kuadran dan empat daerah. Keempat
daerah itu antara lain most favoured regions, additional
allowed regions, generously allowed regions, dan
disallowed regions. Pada plot Ramachandran, klaster yang
terbentuk dari beberapa residu menunjukkan struktur sekunder yang
terbentuk.
Melalui plot Ramachandran dapat
diketahui suatu struktur protein mempunyai kualitas yang baik atau
tidak. Caranya dengan melihat plot residu non glisin yang terletak
pada wilayah sudut dihedral yang dilarang (disallowed regions).
Glisin tidak mempunyai rantai samping sehingga sudut Φ dan ψ nya
dapat berada pada empat kuadran dari plot Ramachandran. Suatu
struktur protein dinyatakan baik jika jumlah plot residu yang
terdapat pada most favoured regions
lebih dari 90% dan R-factor
tidak lebih dari 20%.
