Jumat, 07 Oktober 2011

[MD] > GROMACS


ROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulation) merupakan suatu program simulasi dinamika molekuler dan penyusutan energi yang dirintis oleh Universitas Groningen Belanda pada awal 1990an. Pada mulanya GROMACS didesain untuk molekul biokimia seperti protein dan lemak yang memiliki banyak interaksi ikatan yang rumit. Tetapi karena kerja GROMACS yang cepat dalam menghitung interaksi non bonding (yang) umumnya mendominasi simulasi), maka GROMACS juga digunakan untuk meneliti sistem non-biologis, seperti polimer. GROMACS tidak mempunyai force field sendiri, tetapi GROMACS dapat menggunakan force field Gromos, OPLS, Amber, dan ENCAD. Tujuan dari program GROMACS adalah menyediakan program dinamika molekuler yang efisien dan canggih serta dapat berjalan pada satu prosesor maupun sistem paralel. GROMACS tidak hanya menyediakan mekanika mikrokanomikal Hamiltonian, tetapi juga stochastic dynamics (SD) termasuk dinamika Langevin dan Brownian, serta penyusutan energi (energy minimisation, EM). GROMACS merupakan program dinamika molekuler yang tercepat saat ini. Selain itu, dukungan dari force field yang berbeda membuat GROMACS lebih fleksibel.