Mekanika molekuler memperlakukan
molekul sebagai koleksi dari atom-atom yang interaksinya dapat
dijelaskan secara mekanika Newton. Karena masa inti jauh lebih besar
dari masa elektron, persamaan Schrodinger dapat dipisahkan mejadi
produk dua fungsi untuk elektron dan inti melalui pendekatan
Born-Oppenheimer. Untuk kepentingan mekanika molekuler, fungsi
elektronik yang awalnya dikembangkan untuk interpretasi data
spektroskopi diabaikan; sehingga distribusi muatan diasumsikan
konstan selama perubahan posisi dari inti. Karena mekanika molekuler
berbasiskan fisika klasik, itu tidak dapat memberikaan informasi
tentang sifat-sifat elektron dari molekul yang dipelajari karena
secara umum diasumsikan tetap selama parameterisasi dari medan gaya
dengan data eksperimen. (Ref: Burger, Med Chem)
