Molecular docking merupakan suatu
metode komputasi yang digunakan untuk menggambarkan interaksi antara
suatu molekul sebagai ligan dengan suatu reseptor atau protein. Reseptor atau target pada proses docking dapat diperoleh dari hasil
eksperimen seperti NMR dan Kristalografi Sinar X ataupun hasil homologi modeling. Molecular docking
sebagai salah satu metodologi dalam structure-based virtual
screening, dimulai pada awal tahun 1980-an. Secara umum, tujuan dari
studi docking adalah membuat pemodelan struktur yang akurat dan prediksi
aktivitas yang tepat.
Pada proses docking, molekul-molekul
yang terlibat dapat dianggap sebagai atom-atom, permukaan, atau grid
yang mewakili molekul tersebut. Proses docking terdiri atas beberapa
tahap yang kompleks. Proses ini diawali dengan penerapan docking
algorithm yang memposisikan ligan pada sisi aktif dengan konformasi
tertentu dan urutan pencarian konformasi tertentu, kemudian scoring
function yang melengkapi docking algorithm akan mengevaluasi
konformasi dengan melakukan perhitungan berdasarkan sifat fisikokima
untuk memperoleh struktur molekul yang optimal. Berdasarkan
proses tersebut, suatu program molecular docking merupakan kombinasi
dari scoring function dan docking algorithm.
