Struktur target dibuat berdasarkan
perhitungan jarak geometri dan batasan stereokima. Terdapat beberapa
program komputer dan layanan web untuk proses homology modeling
secara otomatis. Layanan web pertama untuk homology modeling
adalah Swiss-Model (http://www.expasy.ch/swissmod/), diikuti dengan
CPHModels (http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/), SDSC1
(http://cl.sdsc.edu/hm), FAMS
(http://physchem.pharm.kitasato-u.ac.jp/FAMS/fams.html), dan ModWeb
(http://guitar.rockefeller.edu/modweb).
Selain program-program di atas, ada
juga program homology modeling non otomatis, seperti MODELLER. Jika
pada program otomatis pembuatan model menggunakan cetakan terbaik
yang dipilih oleh server, maka dengan program non otomatis pembuatan
model disesuaikan dengan keinginan pengguna. Cetakannya pun dapat
dipilih sendiri. Selain itu, cetakan yang digunakan dapat lebih dari
satu (multiple templates). Program ini menyediakan model
struktur yang bervariasi. Dengan MODELLER, pengguna dapat membuat
struktur secara keseluruhan atau struktur pada daerah tertentu,
seperti loop. Keuntungan dari program ini, pengguna dapat memilih
bentuk dan jumlah struktur yang akan dibuat. Dengan demikian, untuk
akurasi model, program non otomatis lebih unggul daripada program
otomatis.
